1、起源： 神农尝百草
1973年，在中国河北藁城台西村商代遗址中发现了植物种子30余枚，经鉴定主要为蔷薇科植物的种子，其中以桃仁为主，还包括郁李仁、杏仁等。中医方剂中有五仁丸，即由桃仁、郁李仁、杏仁、松子仁、柏子仁五味药组成，遗址中发现的种子似乎是一种药方的组合。而这些种子的原植物的果实又是食物的来源，预示着这些药物的发现可能与饮食相关。
药物发现和食物的渊源，尤其反映在“神农尝百草”的典故上。中华民族农耕文化历史悠久，相传神农轩辕氏即是中华民族农耕文化的始祖。对其记载有多种，陆贾《新语·道基第一》描述：“民以食肉饮血衣皮毛。至于神农，以为行虫走兽，难以养民，乃求可食之物，尝百草之实，察酸苦之味，教民食五谷。”可见神农使远古时期的中华民族由茹毛饮血的狩猎时代进入食草为主的农耕时代。目前人类学家通过研究人类不同历史时期的牙齿结构，可以证明人类最先是肉食，然后转向杂食。《医賸》云：神农“尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就，当此之时，一日而遇七十毒。此其尝百草为别民之可食者，而非定医药也。”这段“神农尝百草，一日而遇七十毒”的典故也是目前后人多尊神农是本草(药物)发现者的依据。从古书记载来看，最早毒和药没有严格区分。《周礼·天官》载：“医师掌医之政令，聚毒药以供医事”。毒跟药一样可以用于医疗。这段话作者又特意说明了神农尝百草的目的是寻找食物而非药物，也正说明了药物的发现和食物的关联。陶弘景在《本草经集注》序录中说到“藕皮散血，起自庖人；牵牛逐水，近出野老”，也反映了药物的发现源于人民生活中的实践，尤其是饮食活动。
2、提升： 古人对药食同源之理的认识
我国历代对“药食同源”及药食界限的认识是一个从模糊到清晰的过程。从药食同源的起源可以看到古人对食物功能的认识层次：首先是无毒，且能够食用，提供基本营养；然后，发现了食物的其他功能：治疗和保健。对食物的治疗之“理”，很早就有相关探索。古人认为食物和药物一样具有性味理论，包括四气五味、归经、升降浮沉等。
四气是指寒、热、温、凉，五味包括酸、苦、甘、辛、咸，这些可能是古人在生活实践中的感知，又赋予了其阴阳五行理论，是功能之理的总结。《黄帝内经》是我国现存的第一部中医经典著作，包括《灵枢》和《素问》两部分，它不但奠定了中医基础理论，还提出了中国传统饮食相关理论，形成了食药的整体理论体系，如四气、五味、升降浮沉、气味厚薄以及毒性等。书中认为食物和药物一样具有五味，并各有所走，如《灵枢·五味》云“愿闻谷气有五味，其入五脏”，《素问·五常政大论篇》中多次提到“食宜同法”、“药以祛之，食以随之”等观点，来说明食物作为药物治病的辅助功能。《黄帝内经》首次按食物的性味将食物归纳于五行中，如《灵枢·五味》云“五味各走其所喜，谷味酸，先走肝；谷味苦，先走心；谷味甘，先走脾；谷味辛，先走肺；谷味咸，先走肾”。该书还提出了五味禁忌的思想，如《素问·宣明五气论》谓“五味所禁，辛走气，气病无多食辛；咸走血，血病无多食咸；苦走骨，骨病无多食苦；甘走肉，肉病无多食甘；酸走筋，筋病无多食酸，是谓五禁，无令多食”，强调五味须调和。
唐代孙思邈在《千金要方·食治》中总结并发展了唐以前医家及《黄帝内经》中有关饮食的理论，如“食有偏性”、“饮食有节”、“五味不可偏盛”等。其后的《食疗本草》在每个食物名下大多注明药性，还有功效、禁忌、单方、应用部位等记载。元代《饮膳正要》在卷二中分条目介绍了“四时所宜”、“五味偏走”、“服药食忌”、“食物利害”、“食物相反”、“食物中毒”等，强调了食物的偏性和禁忌。因此，古人探索食物的性质理论反映了药食同源、药食同功、药食同理。
3、发展：药食同源惠及大众
“药食同源”是古人在食物和药物发现中总结的智慧。食物和药物一样具有偏性，具有四气五味，因而食物除了提供基本的营养外，还具有和药物类似的治疗功能，早在周朝就产生了“食医”的分工，后期则出现了专门以“食治”为主的“食疗类”本草。现代对食物的第三大功能“调节人体机能”的相关研究表明，具有调节人体机能的植物次生产物可能是植物类食物治疗功能产生的科学物质基础。
食物和药物虽然同源，但有界限。食物主要提供营养且无毒，而药物则主要用于治病。食物性质平和，药物则性味相对厚重猛烈，因而食物的“治疗”作用主要体现在“食养”和“食疗”两方面，这些既是药物又是食品的物品常具有补益作用，尤其应用于保健和预防疾病方面。基于古人对药食两用品-种的4种主要特征认识：安全、营养、保健和治疗作用，现代则将食品和药品等相关概念进行了限定，分为药品、食品、保健食品和“按照传统既是食品又是药品物品”等。
古代本草尤其是食物类本草不但记载大量食物类药物，还对服食方法和禁忌等进行了大量论述，反映了古人对药食两用物品的安全性和功能性的重视，给今天的食疗和保健研究提供了宝贵的参考。